Фамилия Гнатишена — редкий случай, когда по суффиксу можно почти безошибочно определить регион, где её дали предку. Окончание -ена, а не привычное -ов/-ев или -ин, прямо указывает на украинское или белорусское происхождение. Это характерная черта фамилий, образованных в западнорусских землях, особенно на Волыни, Подолье, в Галиции. Если бы фамилия писалась через «о» — Гнатишона — её можно было бы спутать с русифицированным вариантом, но форма на -ена сохранила исходное звучание.

В основе лежит имя Гнат — народная украинская форма крестильного имени Игнатий (от латинского ignis — «огонь»). Суффикс -иш- в данном случае не уменьшительный, а патронимический: он указывает на родство по отцу. Гнатишен — буквально «сын Гната», а Гнатишена — «жена Гнатишена» или «дочь Гнатишена». В украинской традиции фамилии на -енко, -ук, -юк были более распространены, но суффикс -иш- тоже встречается, хоть и реже. Он фиксирует не просто имя отца, а его прозвищную или уличную форму — Гнатиш, то есть «маленький Гнат» или «Гнатов сын» в диалектном произношении.

Интересно, что фамилия Гнатишена почти не встречается в центральной России. Её ареал — западные области Украины и юг Беларуси, где сохранились архаичные модели образования фамилий. В польском языке есть аналогичная модель с суффиксом -isz (например, Гнатиш), что подтверждает влияние Речи Посполитой на формирование фамилий этих земель. Если предки носителя фамилии жили в XIX веке, они, скорее всего, были крестьянами или мещанами — дворянские роды с таким окончанием практически неизвестны.

С точки зрения словообразования, Гнатишена — это форма женского рода от мужской фамилии Гнатишен. В русской среде такие фамилии часто склоняют по правилам прилагательных, но в украинском контексте женская форма могла закрепиться как самостоятельная фамилия, например, через брак или при записи в метрических книгах. Встречаются варианты написания: Гнатишен, Гнатишин, Гнатишена — все они восходят к одному корню, но различаются по падежной или диалектной огласовке.