Фамилия Гнатишын — редкий пример восточнославянской модели образования, в которой украинский суффикс принадлежности -ыш- (-иш-) сросся с белорусским или польским суффиксом -ын. Такое двойное оформление встречается нечасто и указывает на пограничную зону — вероятнее всего, Волынь, Полесье или Подляшье, где украинские и белорусские говоры смешивались с польским влиянием.

В основе лежит крестильное имя Гнат — народная форма канонического Игнатий (от латинского ignis — «огонь»). Суффикс -ыш- в украинской антропонимии обычно образовывал патронимы от имён с основой на согласный (Гнатыш — «сын Гната»). А вот конечный -ын — типично белорусско-польский показатель принадлежности (ср. польское -in, белорусское -ын), который в украинском языке встречается реже. Таким образом, Гнатишын — это «сын Гнатыша», то есть «внук Гната». Цепочка: Гнат → Гнатыш («Гнатов сын») → Гнатишын («сын Гнатыша»).

Фамилия почти не встречается в центральной Украине — её ареал тяготеет к северо-западу, где в XVI–XVIII веках крестьяне и мелкая шляхта нередко получали фамилии с двойными суффиксами. В метрических книгах XIX века такую форму могли записать и как Гнатышен, и как Гнатишин, но написание через «ы» во втором слоге (Гнатишын) — самый редкий и локальный вариант, который сохранился, скорее всего, в одном-двух сёлах.

С точки зрения социального статуса — перед нами типичная крестьянская фамилия, возникшая в среде, где отчество ещё не застыло, а передавалось через поколение. Никакого отношения к прозвищам или ремёслам она не имеет: это чистый патроним, который со временем потерял связь с именем деда и стал наследственным.

Сравните с однокоренными: Гнатов — русский вариант, Гнатюк — украинский, Гнатович — польско-белорусский. Гнатишын стоит особняком — он как бы «сшит» из двух разных традиций, что делает его ценным для ономастов: такие фамилии редко попадают в справочники, но по ним можно восстановить пути миграции крестьян.