Фамилия Гнатишен — редкий случай, когда украинское происхождение видно невооружённым глазом, но с оговоркой. Если бы она оканчивалась на -ук, -юк или -енко, сомнений бы не было. Но здесь суффикс -ишен, который встречается нечасто и указывает на определённый способ образования.

Основа фамилии — имя Гнат. Это народная, сокращённая форма крестильного имени Игнатий (от латинского «ignis» — огонь). В украинской традиции имя Гнат было очень распространено, и от него образовали множество фамилий: Гнатенко, Гнатов, Гнатюк, Гнатишин. Гнатишен стоит в том же ряду, но с другим патронимическим суффиксом.

Суффикс -ишен (встречается также вариант -ишин) — это указание на принадлежность: «чей?» — Гнатишен, то есть «Гнатов сын» или «человек из рода Гната». Такая модель типична для западноукраинских земель, особенно для Галичины, Волыни, Подолья. Там суффикс -ишин/ишен выполнял ту же роль, что и -ов/-ев на востоке. Поэтому предок носителя фамилии с высокой вероятностью жил на западе современной Украины, возможно, в пределах бывшей Австро-Венгерской империи, где такие окончания фиксировались в метрических книгах.

Иногда фамилию путают с польской или белорусской, но польский аналог выглядел бы как Gnaciszyn, а белорусский — Гнацішан. Украинское происхождение подтверждается и тем, что имя Гнат — почти исключительно украинская форма, в русском языке она не прижилась.

В написании «Гнатишен» вместо «Гнатишин» могла сказаться адаптация при записи в советских паспортных столах или эмиграции. В украинском языке норма — «Гнатишин», но фамилия могла быть русифицирована или просто записана на слух. Встречаются оба варианта, и это не ошибка, а историческая особенность.

Таким образом, Гнатишен — это фамилия-отчество, указывающая на предка по имени Гнат, жившего на западе Украины. По социальному статусу предки могли быть крестьянами или мещанами — дворянство такие фамилии носило редко, разве что в случае шляхты, но тогда окончание было бы другим, например, Гнатович.