Фамилия Гнатына — это не просто вариант фамилии Гнатов или Гнатьев, а образование с редким для русского ономастикона суффиксом -ын. В русской традиции фамилии на -ин образуются от основ на -а/-я (Гагарин, Пушкин), а на -ын — от основ на твердый согласный, но только если основа заканчивается на -ы (Гнатын → Гнатына). Такая модель встречается в основном в южнорусских и украинских говорах, что сразу указывает на географию фамилии.

Корень здесь — производное от канонического имени Игнатий (лат. Ignatius, «огненный»). В украинской и белорусской народной среде имя сократили до Гнат, а от него образовали фамилию Гнатын. Дальнейший суффикс -ын (как в Холод → Холодын) указывает на принадлежность: «сын Гната» или «человек из семьи Гната». Таким образом, предок носителя фамилии был, скорее всего, простым крестьянином или ремесленником, которого в документах записали по имени отца — Гнатын.

Менее убедительная версия связывает фамилию с украинским глаголом «гнати» (гнать). Сторонники этой гипотезы предполагают, что прозвище Гнатына мог получить лихой ямщик или извозчик. Однако против этого говорит сам суффикс: прозвища от глаголов в форме причастия обычно оканчиваются на -ач (Гончак, Гнатун), а не на -ын. Поэтому версия с именем Игнатий — основная и подтверждается типовой словообразовательной моделью.

Встречаемость фамилии крайне низкая. Она не фиксируется в массовых реестрах XIX века, что говорит о её позднем закреплении — скорее всего, уже в советское время, когда паспортизация «дотянулась» до отдалённых хуторов и сёл.