Фамилия Гнедаго звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её форма — родительный падеж прилагательного, застывшего в прозвище. Перед нами типичная «фамилия-формула», образованная по модели, распространённой в южнорусских и украинских говорах: от прилагательного «гнедой» (конь, масть) через форму «гнедого» — то есть «сын Гнедого» или «из рода Гнедого». Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Гнеда́го.

Основа «гнед-» отсылает к масти лошади — рыжевато-бурой с чёрным хвостом и гривой. Прозвище Гнедой на Руси давали либо человеку с рыжеватыми волосами, либо тому, кто держал или объезжал лошадей такой масти. Но фамилия Гнедаго выделяется не мастью, а грамматикой: окончание -аго (а не -ово, как в литературном русском) — реликт старой церковнославянской формы родительного падежа. В бытовой речи XVII–XVIII веков такие фамилии закрепились у казачества и крестьян Черноземья, особенно в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях. Сравните с фамилиями Чернаго, Бурого, Толстаго — все они из того же гнезда, где прозвище в родительном падеже стало наследственным именем.

Однокоренные фамилии — Гнедов, Гнедой, Гнедко — встречаются гораздо чаще. Гнедаго же — более редкая форма, сохранившая архаичное окончание. В XVIII–XIX веках, когда фамилии вносили в ревизские сказки, писарь мог записать именно так, как произносил местный говор, не «исправляя» на Гнедова. Поэтому носителей фамилии Гнедаго стоит искать в первую очередь среди потомков однодворцев или казаков юга России.

Споров о происхождении почти нет: корень прозрачен, а суффиксальная модель хорошо изучена. Единственная альтернатива — связь с диалектным «гнеда» (так в некоторых говорах называли корову бурой масти), но это менее вероятно: конская масть была куда более частым источником прозвищ. Так что предки человека с фамилией Гнедаго, скорее всего, были либо конниками, либо просто людьми с рыжеватой внешностью, жившими в полосе украинско-русского пограничья.