Фамилия Гнедько образована по распространённой в украинских и белорусских землях модели с уменьшительным суффиксом -ко. Буквально она означает «сын Гнедя» или «маленький Гнедь». В основе лежит прозвище Гнедь, которое восходит к прилагательному «гнедой». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даля это слово описывается применительно к лошади: «темнорыжей шерсти или масти, с черным хвостом и гривой». Прозвище мог получить конюх, коневод или просто владелец лошадей такой масти. Не исключён и перенос по внешнему сходству: Гнедем могли прозвать человека с рыжими волосами, напоминающими по цвету гнедую шерсть.

Интересно, что фамилия Гнедько встречается почти исключительно на западе Украины — в Волынской, Ровенской, Тернопольской областях. Это указывает на её региональное происхождение: прозвище закрепилось в тех краях, где разведение лошадей было частью хозяйственного уклада. В восточнославянской ономастике суффикс -ко часто присоединяли к прозвищам, делая их фамилиями, которые передавались по наследству. Так Гнедь, прозванный за масть или цвет волос, дал начало целому роду Гнедько.