Фамилия Гнедочкина восходит к прозвищу Гнедочка, а оно, в свою очередь, — к прилагательному «гнедой». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. И. Даль поясняет: «гнедой» — это масть лошади (и некоторых других животных) темно-рыжей шерсти с чёрным хвостом и гривой. Отсюда и первое, самое прямое значение прозвища: Гнедочкой могли назвать человека, который разводил или держал гнедых лошадей. В крестьянском быту конь определённой масти был заметной приметой, и такое прозвище легко прикреплялось к хозяину.

Но есть и вторая, не менее вероятная версия. Гнедочкой в народе могли прозвать человека за цвет волос — рыжеватого, с тёмными оттенками, похожего на масть гнедого коня. Прозвища по внешности в русской традиции встречаются сплошь и рядом, так что эта гипотеза ничуть не слабее «конской».

Сама модель образования фамилии типична для русского севера и центральных областей. Суффикс -к- в прозвище Гнедочка — уменьшительно-ласкательный, характерный для обиходной речи. А фамилия на -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Гнедочкин, то есть сын, внук или потомок Гнедочки. В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, форма на -ин часто встречается у прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Не стоит путать эту фамилию с однокоренной Гнедов или Гнедухин — там другие суффиксы и свои оттенки смысла. Гнедочкина стоит особняком: ласкательная форма прозвища звучит мягче, словно передаёт не только признак, но и отношение к человеку в семье или общине. Так что за фамилией стоит не просто масть лошади или цвет волос, а целая история народного словообразования и бытовой наблюдательности.