Фамилия Гнездюков образована от прозвища Гнездюк, которое в прошлом было распространено у запорожских казаков. Гнездюками называли женатых казаков, оставивших службу, или офицеров, удалившихся со своим окружением в степь. Главной обязанностью так называемых гнездюков, которые появились в XVI веке, было обеспечение пищей сечевых казаков. Таким образом, вполне вероятно, что прозвище Гнездюк отражало как род занятий предка, так и его социальный статус. Кроме того, существует гипотеза, что прозвище Гнездюк восходит к существительному «гнездо» в значении «звериное логово, берлога». В таком случае прозвище мог получить охотник. Так и прозвище Гнездюк закрепилось за человеком в качестве наиболее употребительного именования, а со временем легло в основу фамилии Гнездюков. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Гнездюк, со временем получил фамилию Гнездюков.