Фамилия Гнездюков — одна из тех, что хранят память о социальном устройстве Запорожской Сечи. Её основа — прозвище Гнездюк, которое в XVI веке имело вполне конкретный смысл: так называли женатых казаков, оставивших строевую службу, или офицеров, удалившихся с хозяйством в степь. Эти люди, по сути, становились «оседлыми» — обзаводились домом и семьёй, но не порывали с казацким братством. Главной их обязанностью было снабжение сечевых казаков продовольствием. Прозвище, таким образом, указывало не на внешность или характер, а на род занятий и особый статус: Гнездюк — это не просто «живущий в гнезде», а член хозяйственного «гнезда», обеспечивающего боеспособность войска.

Модель образования фамилии прозрачна: суффикс -ов присоединился к основе Гнездюк, указав на принадлежность — «сын Гнездюка» или «из рода Гнездюков». Это типичный для восточнославянских фамилий патронимический формант, который закрепился в письменных источниках после того, как прозвище перестало быть актуальным.

Существует и другая, более прозаичная версия происхождения прозвища. Слово «гнездо» в диалектах означало не только птичье жильё, но и звериное логово, берлогу. В этом случае Гнездюком могли прозвать охотника, промышлявшего зверя по норам. Однако эта гипотеза уступает первой в убедительности: слишком узок и конкретен был круг носителей этого прозвища в исторических документах, и связан он именно с казачьим бытом, а не с охотничьим промыслом.

Фамилия Гнездюков — редкий случай, когда прозвище сохранило не просто бытовую черту, а целый социальный институт. Носитель такой фамилии, скорее всего, ведёт род от тех самых «гнездюков» — хозяйственных казаков, кормивших Сечь.