Фамилия Гнездюков — самобытный памятник славянской культуры, и её происхождение стоит искать в прозвище Гнездюк. Самое интересное здесь — не просто корень «гнездо», а социальный контекст: в XVI веке Гнездюками называли женатых запорожских казаков, которые оставили боевую службу. Они уходили со своим окружением в степь, а их главной обязанностью становилось обеспечение пищей сечевых казаков. Получается, что прозвище Гнездюк отражало не столько внешность или характер, сколько род занятий и чёткий социальный статус — человек, ответственный за пропитание войска.

Есть и другая версия, более прямая: прозвище могло восходить к слову «гнездо» в значении «звериное логово, берлога». В таком случае Гнездюком называли охотника, который хорошо знал лес и звериные тропы. Обе гипотезы не противоречат друг другу — в разных регионах прозвище могло возникнуть независимо, по разным причинам.

Суффикс -юк в основе Гнездюк типичен для украинских и южнорусских прозвищ: он указывает на принадлежность или характерный признак. А фамильный суффикс -ов стандартно оформил её как русскую фамилию, превратив прозвище в родовое имя: «чей?» — Гнездюков, то есть потомок Гнездюка.

Окончательно сказать, где именно и когда фамилия оформилась, без серьёзных генеалогических изысканий нельзя — процесс мог быть длительным и не привязан к одной местности. Но ясно одно: за фамилией стоит либо казачий быт с его хозяйственным укладом, либо охотничий промысел, и оба варианта уводят нас в глубь веков, к реальным занятиям реальных людей.