Фамилия Гнездюкова образована от прозвища Гнездюк. В XVI веке у запорожских казаков так называли женатых казаков, которые оставили службу, или офицеров, удалившихся со своим окружением в степь. Главной обязанностью этих гнездюков было обеспечение пищей сечевых казаков. Поэтому прозвище могло отражать как род занятий предка, так и его социальный статус.

Есть и другая версия: прозвище Гнездюк могли дать охотнику. В этом случае оно восходит к существительному «гнездо» в значении «звериное логово, берлога». Прозвище закрепилось за человеком как наиболее употребительное именование, а со временем легло в основу фамилии.

Фамилия Гнездюкова — притяжательное прилагательное с суффиксом -ов, отвечающее на вопрос «чей?». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и мирских имён. Потомок человека по прозвищу Гнездюк со временем получил фамилию Гнездюкова. В отличие от более распространённых фамилий на -ин или -ский, эта форма встречается реже, что делает её ценным источником семейной истории, хранящим память о происхождении предка.