Фамилия Годильшин — одна из тех, чья основа на первый взгляд кажется неясной, но при разборе по частям проясняется довольно прозрачная картина. Ключ к ней — суффикс -шин, который в русских фамилиях встречается реже, чем стандартные -ов или -ин, и указывает на совершенно определённую модель образования.

Суффикс -шин — это вариант суффикса -ин, но с наращением -ш-. Чаще всего он появляется в фамилиях, образованных от просторечных, уменьшительных или уничижительных форм личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -ша. Например, Гриша — Гришин, Миша — Мишин. В основе фамилии Годильшин лежит имя или прозвище Годильша. Это имя, в свою очередь, является производным от канонического церковного имени Годило (редкая форма от Год, Годислав или подобных древнерусских имён с корнем «год-» в значении «годный, угодный, пригожий»). Таким образом, Годильшин — буквально «сын Годильши», то есть потомок человека, которого в быту звали уменьшительно Годильша.

Вероятнее всего, исходной формой было полное имя Годило или Годислав. Имя Годило фиксируется в древнерусских памятниках, например, в новгородских берестяных грамотах. Это имя из разряда «мирских», некалендарных: так называли ребёнка, желая, чтобы он был «гожим», то есть подходящим, удачным, угодным. Со временем форма Годило превратилась в Годильша по аналогии с другими именами (Ярило — Ярильша, Радило — Радильша). Фамилия закрепилась за потомками в форме притяжательного прилагательного: «Чей сын?» — «Годильшин».

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России, где были сильны традиции нецерковных имён. Встречается она нечасто, что объясняется редкостью самого исходного имени. По социальному происхождению носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянскому или посадскому сословию: фамилии на -шин редко встречаются у дворянства, так как эта модель была характерна для простонародной, «уличной» ономастики.

Изредка можно встретить вариант написания «Годильщин» — с буквой «щ» на конце. Это не ошибка, а фонетическое отражение того же суффикса: в некоторых говорах «шь» произносилось как твёрдое «щ». Однако исторически верным и более распространённым является написание через «ш». Фамилия Годильшин — редкий, но яркий пример того, как за необычным звучанием стоит обычная логика русского имяобразования: от имени-пожелания через уменьшительную форму к фамилии.