Фамилия Годильшина — женская форма, а мужская, Годильшин, встречается редко. Чтобы понять её происхождение, не нужно гадать, от какого крестильного имени она образована, — здесь работает другая, более живая модель. Основа «Годильш» восходит к прозвищу или неканоническому имени Годильша, которое, в свою очередь, — вариант тюркского имени Худай-Берды или Худай-Кул, что значит «Бог дал» или «раб Божий». В русских говорах, особенно в Поволжье и Приуралье, такие имена свободно переделывались на местный лад: звук «х» часто заменялся на «г», а «д» на «т» или наоборот, поэтому из «Худай» получалось «Годай» или «Годиль».

Суффикс «-шин» в фамилии — характерный для русского Севера, Сибири и Поволжья вариант патронимического суффикса «-ин». В отличие от литературного «-ин», форма «-шин» закрепилась в тех регионах, где говорили «чей ты?» — «Годильшин», то есть сын Годильши. Такая модель активно работала в XVI–XVII веках, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии не по отцу с церковным именем, а по деду или отцу с бытовым прозвищем.

Носители фамилии Годильшина исторически сосредоточены в двух областях: в бывшей Казанской губернии и в Пермском крае. Там, на стыке татарского и русского населения, имена вроде Годильша (от тюркского «Кудай» — Бог) были обычны. В метрических книгах XVIII века можно встретить крестьян, записанных как «Годильша Иванов» — то есть имя ещё не стало фамилией, а лишь прозвищем, переходящим по наследству.

Ошибочно искать в этой фамилии славянский корень «год» или «годить»: ни «угодить», ни «погода» тут не при чём. Фамилия — прямой свидетель тюрко-славянского культурного обмена в Поволжье, когда русские крестьяне, жившие бок о бок с татарами и башкирами, легко заимствовали имена, переделывали их под свой говор и передавали детям как фамилии. По сословной принадлежности предки Годильшиных — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне, реже — мещане уездных городов.