Фамилия Годын — редкий случай, когда в основе лежит не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, связанное с церковным календарём или временем рождения. Корень «год» в древнерусском языке означал не только 365 дней, но и «время», «срок», «пора», а также «праздник» или «годовой церковный круг».

Самый прямой путь к происхождению — имя Годыня, которое встречается в старых русских документах. Так могли назвать ребёнка, родившегося в большой церковный праздник (в «годыню» — праздничное время), либо желанного и «долгожданного» (от слова «годный» в смысле «подходящий, угодный»). В словаре древнерусских имён С. Б. Веселовского упоминается, что Годыня — это некалендарное, мирское имя, которое давали в допетровскую эпоху наряду с крестильным. От него и пошла фамилия через притяжательный суффикс -ын: Годын означает «сын Годыни».

Есть и более бытовая версия: прозвище Годына мог получить человек, который всё делал «в срок», «впору», то есть был надёжным и своевременным. В некоторых говорах «годына» означала «погода» или «удачное время», а «годынный» — «погожий, добрый». В этом случае фамилия несла положительную характеристику — так могли прозвать хозяина, у которого всё спорилось.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным регионам России, а также к Беларуси и Украине, где форма «Годын» встречается чаще, чем в центральных областях. Это объясняется тем, что в украинском и белорусском языках слово «година» означает «час» или «время», и прозвище могло означать «рождённый в определённый час».

Интересная деталь: фамилия Годын не получила распространённой модели на -ов или -ин (Годынов, Годынин), что указывает на её относительно позднюю фиксацию в документах или на то, что она закрепилась в форме краткого прилагательного. В старых переписях такой тип фамилий часто давали однодворцам или казакам, где прозвища не успели обрасти стандартными суффиксами.

Сравните с однокоренными фамилиями: Годин (от имени Годя — уменьшительное от Годыня), Годов, Годный. Все они восходят к тому же корню, но Годын — самая архаичная форма, сохранившая исходный суффикс имени-основы.