Фамилия Годин в своей основе имеет прозвище Годя, которое образовано от глагола «годить» — то есть медлить, выжидать. Соответственно, Годей в народе могли называть человека нерасторопного, медлительного, того, кто постоянно тянет время. Эта версия считается основной и наиболее прямой: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), так что Годин буквально означает «сын Годи» или «потомок Годи».

Существует и альтернативное объяснение, хотя оно менее правдоподобно. Согласно ему, фамилия восходит к прозвищу Годован, которое происходит от украинского слова «годованець» — так называли приёмного ребёнка или человека, живущего на содержании у других. В этом же ряду стоит и слово «годованник», но его значение сегодня утрачено, и восстановить его можно лишь предположительно. Если эта версия верна, то суффикс -ин здесь присоединился к основе Годован, сократив её до Годин, что встречается в фамилиях, но нечасто.

Совсем маловероятно, но не исключено, что фамилия Годин могла возникнуть как сокращение от имени Гордей, точнее от его уменьшительной формы Гордя. В таком случае Годин — это «Гордин» без звука «р», что бывает в диалектном произношении. Однако эта гипотеза слабая: имя Гордей дало устойчивую фамилию Гордеев, а переход в Годин — скорее случайное созвучие.

Словообразовательная модель фамилии типична для русских отчеств на -ин. Такие фамилии образовывались от основ, оканчивающихся на -а или -я (Годя → Годин), и были особенно распространены в северных и центральных регионах России. Это позволяет предположить, что первые носители фамилии жили именно там.

Среди известных обладателей фамилии — Юрий Николаевич Годин (1912–1962), геолог, автор фундаментальных трудов по геологии нефти и геофизике. Его работа в области поиска полезных ископаемых сделала фамилию узнаваемой в научных кругах, хотя в бытовом сознании она остаётся редкой и нечастотной.