Фамилия Годинин образована по типичной для русских фамилий модели с суффиксом -ин. Такие фамилии обычно возникали от личного прозвища или имени (христианского или языческого), которое оканчивалось на -а или -я. В основе фамилии лежит прозвище Годиня. Подобные именования широко представлены в ономастике восточных, западных и южных славян, что говорит о древности корня.

Что означало прозвище Годиня? Скорее всего, оно связано с древнерусским словом «год» — время, срок, а также «годный» или «угодный». В разных говорах «годить» значило «ждать, выжидать», а «годяй» — «расторопный, способный человек». Поэтому Годиней могли назвать либо выжидательного, терпеливого человека, либо, наоборот, того, кто всё делает вовремя и к месту. Вторая версия, хотя и менее вероятна, отсылает к нецерковному имени Год (Годята), которое давали ребёнку, родившемуся в удачный, «годный» год.

У фамилии есть заметная особенность: в говорах ударение могло падать как на первый, так и на второй слог — Го́динин или Годи́нин. Второй вариант, с ударным -ин, встречается реже и указывает на северное или сибирское происхождение носителей. Географически фамилия встречается в Вологодской и Архангельской областях, а также в Поволжье — там, где слово «годить» сохранилось в живой речи до XX века.

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. Годин, Годинов, Годяев — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Фамилия Годинин выделяется среди них именно суффиксом -ин, который в русской традиции чаще указывает на принадлежность: «чей?» — Годинин, то есть сын или потомок Години.

Сословной привязки у фамилии нет: Годинины встречались и среди крестьян, и среди купцов, и среди духовенства. В документах XVIII–XIX веков эта фамилия фиксируется в основном в среде государственных крестьян и мещан, что говорит о её демократичном происхождении.