Фамилия Годынюк образована от имени или прозвища Годына. Наиболее вероятная версия связывает его с украинским словом «година» — так называют тёплую, сухую, солнечную погоду. Скорее всего, Годыной назвали ребёнка, родившегося поздней весной, летом или ранней осенью: такие имена по погоде и времени года были обычны в народной среде.

Существует и другая гипотеза: прозвище Годына могло произойти от общеславянского глагола «годити» — «приспособлять», «прилаживать». В этом случае Годыной прозвали искусного мастера, у которого любая работа спорилась, или же человека запасливого и практичного. Обе версии возможны, но первая, «погодная», выглядит более прозрачной и чаще встречается в ономастике.

Суффикс -юк указывает на типичную украинскую модель образования фамилий: он означает «маленький» или «потомок», то есть Годынюк — буквально «сын Годыны». Такая форма характерна для западных и центральных областей Украины, особенно для Волыни, Подолья и Полесья. Фамилия редкая, не попала в массовые списки распространённых, но встречается в украинской диаспоре за рубежом.

Из известных носителей — Александр Годынюк (род. 1970), украинский хоккеист.