Фамилия Голдобенко звучит нарочито не по-русски, хотя перед нами типичная украинская модель. Её выдает суффикс -енко, который в XVI–XVII веках закрепился в Поднепровье и на Слобожанщине как обозначение потомка, сына или ученика. Если бы фамилия была русской, она скорее всего выглядела бы как Голдобов или Голдобин. А здесь — «чей?» — Голдобенко, то есть сын или человек, имеющий отношение к Голдобу.

В основе лежит прозвище Голдоб. Это слово не из славянских языков, а скорее всего из тюркских наречий, где «голдоб» или «колдоб» могло означать нечто вроде «грубый», «неотёсанный», «здоровенный». В южнорусских говорах «голдоба» — это голь перекатная, беднота, бродяги. Вполне вероятно, что прозвище дали человеку небогатому, оборванному, живущему впроголодь, либо, наоборот, с иронией — здоровяку, который «голдобит», то есть громко топает, шумит.

С географией фамилии всё прозрачно: Голдобенко — украинская фамилия, распространённая в Черниговской, Полтавской, Харьковской областях. Встречается и на Кубани, куда в XIX веке переселялись малороссы. В дореволюционных метрических книгах носители фамилии числятся в основном среди казаков и крестьян-хлеборобов, реже — среди мещан. Дворянских корней у неё нет: слишком простонародная основа и модель образования.

Интересно, что фамилия сохранила редкий для славянского уха начальный звук «г», который в украинском языке часто переходит в «ґ» или смягчается. Это указывает на то, что прозвище было заимствовано из тюркского источника в готовом виде и не подверглось адаптации. Родственные фамилии — Голдобин, Голдобов — встречаются в России, но уже с русскими суффиксами, что подтверждает: корень один, а судьба у каждой ветки своя.