Фамилия Голдобеев — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти полностью вытеснило память о своём прямом значении. На первый взгляд в ней слышится что-то немецкое или, возможно, связанное с золотом (от «голд» — gold). Но на деле это чисто русская фамилия, образованная по старинной модели отчество + суффикс -ев.

Корень здесь — прозвище Голдобей. В русских говорах, особенно северных и сибирских, «голдобить» означало «стучать, греметь, грохотать». Отсюда «голдобень» — шумный, неуклюжий человек, который всё роняет и создаёт грохот, или, по другой версии, тот, кто работает с металлом — кузнец, молотобоец. Прозвище могло быть ироническим: так называли не только неловкого верзилу, но и, напротив, бойкого, напористого человека, который «голдобит» — пробивает себе дорогу.

Суффикс -ев (вместо более привычного -ов) указывает на то, что основа прозвища оканчивалась на мягкий согласный или й: Голдобей → Голдобеев. Такая модель типична для фамилий, возникших на Русском Севере и в Поволжье, где мягкие окончания прозвищ сохранялись дольше. В документах XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с фамилией Голдобеев из Вологодской и Архангельской губерний — именно там «голдобить» было обиходным словом.

В отличие от многих фамилий, которые можно однозначно привязать к профессии или имени, Голдобеев остаётся загадкой по точному смыслу прозвища. Словарь Даля фиксирует «голдобить» в значении «стучать», но не даёт однозначного портрета носителя. Скорее всего, первый Голдобей был либо мастеровым, работающим с молотом, либо человеком с громким голосом и резкими движениями — прозвище давали по заметной внешней черте.

Сегодня фамилия встречается редко, преимущественно в центральной России и Западной Сибири, куда переселялись северные крестьяне в XIX веке. Написание с двумя «о» (Голдобеев, а не Галдобеев) закрепилось в письменных источниках, хотя в диалектах возможны варианты с «а» — Галдобей. Но именно форма через «о» считается нормативной.