Фамилия Голдун по своему происхождению — типичное восточнославянское прозвище, которое образовалось от действия, а не от имени или профессии. В её основе лежит диалектный глагол «голдеть», означающий «галдеть, кричать, шуметь, ругаться без остановки, спорить, браниться». Суффикс -ун в русских прозвищах (сравните: крикун, ворчун, молчун) прочно закрепился за названиями людей по их яркой, бросающейся в глаза привычке или черте характера. Голдун — это человек, который постоянно голдит.

Скорее всего, прозвище закрепилось за предком, который был заядлым спорщиком или упрямцем, привыкшим громко выражать недовольство. Альтернативное, но менее вероятное объяснение: так могли прозвать просто обладателя громкого голоса — шумного человека, которого слышно издалека. В любом случае, фамилия Голдун относится к «говорящим» прозвищам, которые без труда понимали окружающие в момент её присвоения.

Интересно, что фамилия Голдун не связана с украинским или белорусским «голдувати» (голодать), хотя внешне похожа. Если бы корень был от «голод», форма звучала бы как Голодун или Голодный. Глагол «голдеть» — более редкий, локальный, что делает фамилию Голдун своеобразным маркером: её носители, вероятно, происходят из региона, где это слово было в ходу (южнорусские и западные области). Встречаются также варианты написания Галдун, что подтверждает живую диалектную природу звучания: в некоторых говорах «о» после шипящих переходило в «а».