Фамилия Гольникова — женская форма, а её мужской вариант Гольников. В основе фамилии лежит прозвище или профессиональное именование Гольник. Слово «голь» в русских говорах означало бедность, нужду, а «гольник» — бедняка, человека без имущества. Прозвище могли дать неимущему крестьянину или бобылю — тому, кто не имел своей земли и дома.

Однако есть и другая, менее очевидная версия. В некоторых диалектах «гольник» называли пустошь, бесплодную землю, а также человека, живущего на такой земле. Тогда прозвище носило территориальный или топографический оттенок: так могли прозвать переселенца с тощих, неплодородных почв.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую модель образования фамилий от прозвищ и профессий: Гольник + -ов = сын Гольника, потомок бедняка. Фамилия встречается в южнорусских регионах, особенно в Воронежской и Ростовской областях, где слово «голь» было в ходу в значении «беднота». Однокоренные фамилии — Гольцов, Гольцев, Гольдин — имеют ту же основу, но разные суффиксы, что говорит о разных очагах возникновения.

В дореволюционных переписях Гольниковы числились преимущественно среди государственных крестьян и однодворцев. Со временем, как это часто бывает, прозвище утратило уничижительный смысл и стало просто родовым именем.