Фамилия Гольников образована по той же продуктивной модели, что и множество других русских фамилий: от прозвища или имени через суффикс -ник- и далее через стандартный патронимический суффикс -ов. Корень «гольн-» в русском языке почти наверняка связан со словом «гольный» — то есть «голый», «бедный», «лишённый покрова». В старину «голью» называли бедноту, а «гольником» — человека, который ходит в обносках или вовсе без имущества. Так могли прозвать небогатого крестьянина, бобыля или человека, не имевшего своего хозяйства.

Возможен и второй, менее очевидный вариант: в некоторых говорах «гольник» — это место, где ничего не растёт, пустошь, лысая поляна. Тогда прозвище могло получить человек, живший на такой земле или владевший ею. Оба значения — «бедняк» и «пустырь» — сходятся в одной смысловой точке: отсутствие, недостаток, нагота.

Славянские фамилии, как и Гольников, возникали от личных прозвищ или имён — христианских или языческих. В случае с Гольниковым перед нами явно прозвищная основа, а не каноническое имя. Суффикс -ник- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов или -ин, и часто указывает на род занятий или характерную черту человека (ср. Плотников, Сапожников). Гольников стоит в этом ряду, но с оттенком социальной характеристики, а не профессии.

Интересно, что именования, образованные по той же модели, широко представлены в ономастике не только восточных, но и западных и южных славян — везде, где существовал корень со значением «голый, бедный». Однако в русском языке фамилия Гольников остаётся довольно редкой. Её география не привязана к какой-то одной области: носители встречаются и в центральных регионах, и на Урале, что говорит о древнем, возможно, ещё допетровском происхождении.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Голиков, Голенищев, Гольцов — Гольников выделяется именно суффиксом -ник-, который придаёт основе более конкретный, «предметный» оттенок: не просто «голый», а «гольник» — человек, олицетворяющий эту голь. Такая деталь позволяет предположить, что предок носителя фамилии был заметен в своей среде именно крайней бедностью или особым положением, которое закрепилось за ним в виде прозвища, а затем и фамилии.