Фамилия Гольниковы образована по типичной славянской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Гольников, то есть сын или потомок человека по прозвищу Гольник. В основе лежит слово «голь» — в старину так называли бедность, нужду, а также собирательное «голь перекатная» (бедняки, бродяги). Соответственно, прозвище Гольник могли дать человеку небогатому, живущему скудно, или тому, кто ходил в обносках, «голом» платье (ветхом, рваном). В некоторых говорах «гольником» называли и лысого человека — от «голый», без волос.

Встречается и другая, менее очевидная версия: прозвище могло относиться к человеку, который жил на «голи» — открытом, пустом месте, без леса, либо занимался выжиганием угля (в псковских и тверских говорах «голь» — это выжженное место в лесу). Однако основное значение, закреплённое в ономастике, связано с социальной характеристикой — бедностью или скудостью.

Фамилия Гольниковы — самобытный памятник славянской культуры, и её модель широко представлена у восточных, западных и южных славян: от Гольника до Гольниченко. Это не случайно — прозвища от «голи» бытовали повсеместно, и фамилия могла возникнуть в любой местности, где жили люди с таким прозвищем. Окончательно говорить о точном времени и месте происхождения фамилии Гольников можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, но её корень — в социальном портрете предка, который, возможно, был небогат, но оставил после себя родовое имя.