Фамилия Гольньков — редкий пример, где написание расходится с произношением, и это сразу бросается в глаза. Если произнести фамилию вслух, слышится мягкое «Гальнькоф» или «Гольнькоф». Но буква «о» после мягкого знака под ударением — в корне — намекает, что исходное прозвище или имя звучало иначе. Скорее всего, основа — «Гольнь», и здесь мы сталкиваемся с диалектной или искажённой формой более известного слова.

Самое правдоподобное объяснение: Гольньков — это вариант фамилии Голеньков или Голиньков. В русских говорах, особенно в южнорусских и белорусских, «гольнь» могло возникнуть из «голень» (часть ноги) или из прозвища Голень — так могли назвать человека с длинными или, наоборот, худыми ногами. Суффикс «-к-» в основе (Гольньк-) — уменьшительный, то есть прозвище было Гольнько, а уже от него по модели «-ов» образовалась фамилия. Второй вариант: прозвище Гольня (от «голь» — бедность, голытьба) с тем же уменьшительным суффиксом дало Гольнько. Тогда Гольньков — «сын бедняка» или «сын того, кого звали Гольнько».

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ко (Гольнько) плюс патронимический суффикс -ов. Такие фамилии массово фиксировались в XVI–XVII веках на территории современных Смоленской, Брянской, Псковской областей и в Беларуси. Туда же указывает и мягкий знак в корне — он характерен для западнорусских и белорусских диалектов.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В открытых базах данных и телефонных справочниках Гольньковы почти не представлены. Это говорит о том, что фамилия либо угасла, либо локализована в одном-двух сёлах. Есть шанс, что написание «Гольньков» — результат ошибки переписчика или паспортиста XX века, и исторически правильная форма — Голеньков. В любом случае, корень связан с телесной чертой (нога) или социальным положением (бедность), что типично для прозвищной основы русских фамилий.