Фамилия Голобородин — один из тех случаев, когда прозвище, лёгшее в основу, почти не требует расшифровки. В ней легко угадываются два корня: «голый» и «борода». Человек по прозвищу Голобородый — тот, кто не носил бороды или имел редкую, жидкую растительность на лице. В крестьянской среде, где борода считалась признаком мужской зрелости и солидности, такое прозвище могло звучать иронично или даже уничижительно. Но не обязательно: возможно, речь шла о молодом парне, который ещё не обзавёлся окладистой бородой, или о человеке, который по каким-то причинам брился.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий на -ин. Суффикс -ин присоединяется к основам на -а/-я: Голобородый → Голобородин (с усечением окончания). Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин столь же распространены, как и на -ов. В южных и западных регионах аналогичное прозвище могло бы дать фамилию Голобороденко или Голоборода.

Интересно, что фамилия имеет не только описательный, но и возможный географический след. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные «голые» прозвища нередко давали пришлым людям — например, беглым крестьянам или солдатам, которые не могли отрастить бороду по условиям службы. Однако Голобородин могло возникнуть и как «кабинетная» фамилия в семинарской среде: в духовных училищах будущим священникам иногда давали прозвища по внешним признакам, и «Голобородый» — вполне в духе таких бытовых кличек.

Редкость фамилии подчёркивает и её написание: в отличие от более частых Голобородько или Голобородова, форма Голобородин встречается заметно реже. Это делает её ценной для локальной генеалогии — скорее всего, все носители фамилии восходят к одному общему предку из конкретной местности.