Фамилия Голофанов — один из тех случаев, когда прозвище предка сохранилось почти без изменений, и понять его смысл можно сразу, если знать одно диалектное слово. В основе фамилии лежит не «голова» и не «фан», а южнорусское и украинское «голофан» — так называли бедняка, оборванца, человека без состояния, «голого» в переносном смысле. Корень тот же, что в словах «голь», «голытьба», а суффикс -ан придаёт прозвищу экспрессивный, чуть пренебрежительный оттенок (сравните: «пузан», «горлан», «толстян»). Модель образования проста: от прозвища Голофан с помощью патронимического суффикса -ов, то есть «сын Голофана».

Версия, что фамилия могла произойти от тюркского имени или слова, маловероятна: в документах и переписях XVII–XVIII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Голофан именно в чернозёмных и южных уездах России, где диалектное слово было в ходу. Связывать фамилию с «голым фаном» (от французского «фан» — болельщик) — современный народный домысел, не имеющий исторических оснований.

Фамилия редкая, недворянская, с ярко выраженной социальной окраской: предок носителя, скорее всего, был человеком небогатым, возможно, бобылём или наёмным работником. Прозвище могли дать не в насмешку, а «по факту» — для бытовой идентификации в сельской общине. Суффикс -ов указывает на великорусскую среду, хотя сама основа «голофан» активнее бытовала на Украине и в Курско-Белгородском регионе.

В написании фамилии встречается вариант Галафанов — с «а» во втором слоге под влиянием акающего произношения. Но исторически верная форма — через «о», так как корень восходит к «голый». Однокоренные фамилии — Голованов, Голубев — имеют другую этимологию и не связаны с бедностью, в отличие от Голофанова, который прямо указывает на имущественное положение предка.