Фамилия Головахин — яркий пример того, как русская фамилия строится вокруг прозвища, связанного с внешностью или характером. В её основе лежит слово «голова», а точнее — его производная форма «головаха». В старину «головахой» могли назвать человека с большой головой, умного, главного или, напротив, упрямого. Суффикс «-ах-» в прозвище Головаха придавал экспрессивный, иногда даже шутливый оттенок — так говорили о ком-то заметном, «головастом».

Модель образования фамилии типична для северных и центральных областей России: к основе на -а добавляется притяжательный суффикс -ин, то есть Головахин буквально означает «сын Головахи». Это отличает её от фамилий на -ов (Головахов), которые встречаются реже и тяготеют к южным регионам. Головахин — форма, закрепившаяся в основном в среде крестьян и посадских людей, где прозвища были живыми и конкретными.

Интересно, что фамилия Головахин не связана напрямую с казачьим чином «голова» или административной должностью «голова» (как, например, у Головановых). Слово «головаха» — скорее народное, диалектное, неофициальное. В некоторых говорах так называли не только человека, но и, например, верхнюю часть снопа или головку сыра, но в основе прозвища лежит именно человеческая характеристика.

Географически фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, что согласуется с зоной распространения суффикса -ин в прозвищных фамилиях. Среди Головахиных попадались и крестьяне, и мещане, и священники — сословной монополии на эту фамилию не было. В документах XVI–XVII веков Головахи встречаются как свободные земледельцы, а к XIX веку фамилия уже устойчиво закрепилась в метрических книгах.

Спорных версий происхождения немного: иногда пытаются связать Головахина с украинским «головаха» (большая голова) или с тюркским «кала» (крепость), но это натяжки. Прозвище Головаха — исконно русское, и фамилия от него образована по законам русской ономастики, без заимствований.