Фамилия Головакин — один из примеров того, как русская фамилия строится на прозвище, но с неожиданным суффиксальным поворотом. Основа здесь очевидна: «голова» или производное от неё слово «головака». Так в старину могли прозвать человека с большой головой, смышлёного, главного в каком-то деле или, наоборот, упрямого — того, кто «ходит в головах». Казалось бы, напрашивается стандартный суффикс -ин: Головакин — от «Головака» по той же модели, что «Петька» — «Петькин». Но вот загвоздка: суффикс -ин в фамилиях обычно указывает на принадлежность («чей сын?»), а основа на -а образует так называемые «малые» прозвища. Однако в фамилии Головакин мы видим суффикс -ин, который присоединился к основе, уже имеющей суффикс -ак. Это не редкость, но встречается реже, чем простые формы. Получается, что прозвище Головака (с увеличительным или пренебрежительным оттенком) дало начало форме «Головакин», то есть «сын Головаки».

Есть и вторая, более редкая версия: фамилия могла образоваться от неканонического имени Головак. В древнерусской антропонимии такие имена, данные по внешним признакам, были обычным делом. В этом случае суффикс -ин работает стандартно: Головак — Головакин. Подкрепить эту версию можно тем, что в исторических документах встречаются однокоренные фамилии — Головаков, Головачёв, Голован. Все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Головакин выделяется на их фоне именно суффиксом -ак, который в русских фамилиях встречается заметно реже, чем -ан или -ач.

С географической точки зрения фамилия не привязана к одной местности. Она встречается рассеянно по центральной России и Поволжью, что говорит о её относительно позднем закреплении — скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда фамилии начали массово фиксироваться у крестьян и мещан. В дворянских родословных Головакины не отмечены, так что предки, вероятно, были либо крестьянами, либо посадскими людьми, получившими фамилию по уличному прозвищу.

В современном русском языке фамилия сохраняет свою внутреннюю форму: любой носитель без труда угадывает в ней слово «голова», но редко задумывается, что суффикс -ак придавал прозвищу более грубый или просторечный оттенок. Если ваш предок был Головакой, то его, скорее всего, знали в деревне как человека с крупной головой или как заводилу — и это прозвище закрепилось за его потомками навсегда.