Фамилия Голованкин образована от прозвища Голованка — так в русских говорах называли человека с большой головой или, в переносном смысле, умного, толкового человека. Основа здесь та же, что и в слове «голова», но с уменьшительно-ласкательным суффиксом -анк-, который в прозвищах часто имел скорее бытовой, чем уменьшительный оттенок. Фамилии на -ин, как и в случае с Голованкиным, традиционно образовывались в центральных и северных регионах России, где притяжательная форма «чей?» давала ответ «Голованкин» — то есть сын или потомок Голованки.

Стоит обратить внимание на суффикс -анк-: он встречается в прозвищах реже, чем более распространённые -к- или -ок-, и придаёт фамилии отчётливый диалектный оттенок. В некоторых областях «голованкой» могли назвать не только человека, но и, например, крупный кочан капусты, но для прозвища человека эта версия маловероятна — скорее, речь о внешности или уме. В отличие от более частых Головановых или Головкиных, Голованкины — фамилия довольно редкая, и это указывает на её узколокальное происхождение, возможно, из какой-то одной губернии или даже волости.

По социальному составу Голованкины, скорее всего, из крестьян или посадских людей. Фамилия не дворянская — в родословных книгах она не встречается, и никаких громких исторических фигур под ней не значится. Если искать её корни, логично обратить внимание на северные и центральные уезды России, где фамилии на -ин особенно распространены. В современном мире носители фамилии рассеяны, но её редкость делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Голованкин, ваши предки с большой вероятностью жили компактно в одном регионе.