Фамилия Голованкова — русский вариант украинской фамилии Голованко. В основе обоих вариантов лежит прозвище Голован, а сама фамилия образовалась как отчество второго порядка: основатель рода был сыном Голованко и внуком Голована. В старину прозвище Голован связывали со словом «голова» — не обязательно в прямом смысле. Скорее всего, оно указывало на социальный статус или заметную роль человека в общине: «была бы голова на плечах, а хлеб будет», «не всяк умен, кто с головою» — такие поговорки подчёркивали, что голова символизирует ум, власть или ответственность. Со временем прозвище закрепилось как семейное имя, а затем перешло в фамилию.

Суффикс -ко в украинской версии (Голованко) типичен для западнорусских земель и часто указывал на молодого человека или сына. Русская форма Голованкова добавила суффикс -ов-, характерный для образования фамилий в центральной России, и окончание -а, указывающее на женскую линию или принадлежность роду. Таким образом, фамилия хранит память о предке, которого в округе знали как Голована — возможно, старосту, купца или просто человека с крупной головой, что в народе тоже считалось приметой ума.