Фамилия Голованков происходит от прозвища Голованок. В основе лежит слово «голова» — в старину так могли называть человека, занимавшего должность (голова, старшина) или просто отличавшегося умом. Прозвище закрепилось за предком как основное именование, а затем перешло в фамилию: Голованок → Голованков («чей?» — потомок Голованка).

Модель образования типична для восточнославянских фамилий: суффикс -ов- присоединяется к основе, оканчивающейся на согласный. В данном случае исходная форма — Голованок, а не Голован. Суффикс -ок- часто придавал прозвищу уменьшительный или ласкательный оттенок, но мог и просто фиксировать вариант имени: например, в писцовых книгах встречаются как Голованы, так и Голованки.

Интересно, что фамилия могла возникнуть независимо в разных регионах: в северных и центральных губерниях, где слово «голова» активно использовалось в административной лексике (таможенный голова, стрелецкий голова). В южных говорах «голован» иногда значило «большеголовый» — отсюда и прозвище по внешности. Обе версии имеют право на существование, но первая (по должности или статусу) подтверждается частотностью фамилии в районах с развитым местным самоуправлением XVII века.

Сравните с однокоренными фамилиями: Голованов (от Голован), Головин (от Голова), Голованчиков (от Голованчик). Голованков стоит в этом ряду как производное от уменьшительной формы — довольно редкий вариант, что делает его более локальным и конкретным.