Фамилия Головенько образована по распространенной в украинской ономастике модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в буквальном смысле означает «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. То есть Головенько — это «сын Головня» или «потомок Головня». В основе фамилии лежит прозвище Головень, которое восходит к нарицательному «голова». Такие прозвища на Руси давали не только из-за физической особенности (большая или необычная форма головы), но и по социальному положению: «головой» называли выборного или назначаемого руководителя, старшину, главу общины или отряда. Поэтому прозвище Головень могло указывать на социальный статус предка — вероятно, он был кем-то вроде сельского старосты, атамана или военного предводителя. Позже прозвище Головень, изначально присоединенное к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах. В аналогичных фамилиях других народов (например, польских или белорусских) встречаются варианты с другими суффиксами: Головенко, Головеня. Особенность фамилии Головенько — в её редком суффиксальном варианте: -енько вместо более привычного -енко. Такая форма чаще встречается на Полтавщине и Черниговщине, где в говорах закрепилось смягчение конечного согласного. Таким образом, по фамилии Головенько можно с большой вероятностью определить регион происхождения предков — северо-восток Украины, историческую Малороссию.