Фамилия Головницкий образована по модели, характерной для западных и южных регионов России, а также для Украины и Беларуси: основа плюс суффикс -ицк-/-цк-. Этот суффикс в славянских фамилиях чаще всего указывает на географическое происхождение — выходца из определённого места. В данном случае основа «Головн-» могла лечь в основу названия села или хутора вроде Головни, Головница или Головное. Соответственно, Головницкий — это «тот, кто родом из Головниц».

Однако есть и вторая версия, более прямая. Фамилия могла произойти от прозвища Головень или Головня. Так в старину называли человека с большой или заметной головой, а также — в переносном смысле — отчаянного, «огненного» человека (головня — горящее полено). Позже прозвище Головень или Головня, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах, а потом оформилось в фамилию с типичным «дворянским» суффиксом -ский.

Особенность фамилии в том, что суффикс -ицк- (а не -овск- или -инск-) встречается реже и часто выдаёт конкретную локацию. Если предки Головницких были мещанами или казаками, фамилия могла закрепиться именно по названию усадьбы или хутора. В дворянской среде такие фамилии тоже встречались, но без документальных подтверждений приписывать род к определённому сословию рискованно.

В любом случае, в основе лежит древнерусское слово «голова» — во всех смыслах: от физической части тела до главы, руководителя. Так что предки носителя фамилии могли быть либо людьми с приметной внешностью, либо выходцами из села с «головным» названием.