Фамилия Голубенцева — женская форма фамилии Голубенцев, и её происхождение стоит искать не в голубином окрасе, а в сложной словообразовательной цепочке, которая ведёт к прозвищу или имени. Основа здесь — «Голуб» (от прилагательного «голубой» или от имени Голуб, которое в старину давали как мирское, нецерковное имя). Но суффикс «-енцев» — редкий и указывает на особую модель образования.

Большинство фамилий на «-ов» и «-ев» образуются напрямую от имени или прозвища: Голуб → Голубов. А вот суффикс «-енцев» (как в фамилиях Голубенцев, Сидоренцев, Петренцев) — это патронимическая форма второго порядка. Сначала от имени Голуб образовали отчество Голубенец (то есть «сын Голуба»), а затем от него — фамилию Голубенцев. То есть Голубенцев буквально означает «сын Голубенца», внук Голуба.

Такая модель была распространена в южнорусских и украинских землях, где отчества на «-енец» встречались чаще. Поэтому Голубенцевы, скорее всего, происходят из регионов, граничащих с Украиной, или из казачьих областей. Само прозвище Голуб могло относиться к человеку с голубыми глазами, к кроткому по характеру, а иногда — к тому, кто держал голубей или занимался их разведением.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные формы на «-енцев» отмечены как характерные для восточнославянской ономастики, но встречаются реже, чем стандартные на «-ов». Таким образом, фамилия Голубенцева — не простая, а с историческим наслоением: она хранит память о деде, которого звали Голуб, и об отце, которого в народе величали Голубенцем.