Фамилия Голубеко звучит так, словно её носитель где-то задержался на полпути: вроде бы и птица, а окончание не наше, не русское. Это ощущение не обманывает. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на «птицу» — Голубев, Соколов, Воробьёв — здесь нет суффикса принадлежности -ев. Вместо него стоит украинский суффикс -енко, который в русской передаче часто редуцируется до -еко. Так что Голубеко — это классическая украинская фамилия, образованная по той же модели, что и Шевченко, Коваленко или Бондаренко, но с основой «голуб».

Исходное слово — «голуб», то есть голубь. Однако в украинской ономастике прозвище Голуб давали не столько за внешнее сходство с птицей, сколько за характер. Голубем могли назвать кроткого, мирного, ласкового человека. В казацкой среде это прозвище могло иметь и ироничный оттенок — для тихого парня, который не лезет в драку. Фамилии на -енко в XV–XVII веках активно формировались на территории современной Центральной и Левобережной Украины (Полтавщина, Черниговщина, Киевщина) и означали «сын такого-то». Сын Голуба — Голубенко, а на русской почве или при бытовом произношении конечное -н- могло выпадать, давая форму Голубеко.

Есть и менее очевидная версия, связанная с географией. В некоторых говорах юго-западных областей России и востока Украины «голубеко» могло быть уменьшительно-ласкательным обращением к голубю, почти как «голубок». Тогда фамилия могла закрепиться за человеком, которого в округе так и звали — ласково, по-свойски. Но эта гипотеза слабее: массово фамилии так не образовывались, а вот патронимическая модель на -енко — это основной поток.

Написание фамилии с конечным -о, а не -а (Голубенка), характерно для фамилий, которые попали в российские документы через польскую или церковную канцелярию, где окончание фиксировали как неизменяемое. Поэтому Голубеко, в отличие от Голубева, не склоняется. Носители этой фамилии — потомки тех, кто, скорее всего, жил на левом берегу Днепра, в среде реестровых казаков или мещан, и чей предок выделялся мягким нравом.