Фамилия Голубеи — редкий пример, когда фамилия сохранила не просто основу, а почти неизменённое прозвище в форме множественного числа. В русской ономастике это называется «фамилия-эргоним» или «фамилия-прозвище» в родительном падеже. Если «Голубев» означает «чей? — голубя», то «Голубеи» буквально переводится как «чьи? — голубей», то есть принадлежащие к клану или семье Голубя.

Основа та же — прозвище Голубь. В старину так называли не только за внешнее сходство (светлые волосы, мягкий нрав), но и за профессиональную связь: голубей держали для почты, для мяса или как дорогую забаву. Однако решающую роль в образовании фамилии сыграл суффикс. Форма на «-ей» — это не ошибка и не опечатка, а диалектная или историческая черта. В северных и сибирских говорах, а также в некоторых старообрядческих общинах, фамилии на «-их» и «-ых» (типа «Белых», «Черных») иногда заменяли на «-ей» или «-ий» в документах. Так «Голубеи» могло возникнуть из «Голубых» — указания на целый род.

Вторая версия, менее вероятная, — что фамилия образована от топонима. Если существовала деревня Голубеи (например, в Вологодской или Костромской области), то жителей могли записывать по месту жительства: «Голубеи» — выходцы из Голубей. Но в таком случае мы бы ждали суффикса «-ский» (Голубейский), поэтому эта гипотеза слабее.

География фамилии очень узкая. В современных базах данных фамилия Голубеи встречается единично, в основном в Пермском крае и на Урале. Это подтверждает версию о диалектном происхождении: именно в этих регионах фиксировались фамилии на «-ей» как вариант окончания «-ых». Скорее всего, предок носителя был прозван Голубем, а его дети и внуки в местной канцелярии получили фамилию по принципу «чей род? — Голубеи», то есть люди из семьи Голубя.

С точки зрения словообразования, фамилия уникальна тем, что не прошла стандартную унификацию на «-ов» или «-ин», которая в XVIII–XIX веках затронула большинство русских фамилий. Она сохранила архаичную форму, что делает её ценным свидетельством живой народной ономастики.