Фамилия Голыганов — звонкая и необычная, и её разговорная основа сразу бросается в глаза. В отличие от множества фамилий на -ов, образованных от церковных имён (Иванов, Петров), эта фамилия — чисто прозвищного происхождения. В её основе лежит слово «голыган», которое в русских говорах имело несколько значений, но все они били в одну точку: бедный, оборванный, босой человек. В словаре Владимира Даля «голыган» — это именно голь, бедняк, тот, у кого «голая» душа и пустые карманы. Прозвище могли дать не просто за отсутствие достатка, а за соответствующий образ жизни: неопрятный вид, пренебрежение хозяйством или, наоборот, за подчёркнутое презрение к богатству.

Словообразовательная модель здесь классическая для русских фамилий: прозвище Голыган плюс патронимический суффикс -ов, который отвечает на вопрос «чей?». Фамилия Голыганов буквально означает «сын Голыгана», то есть потомок человека, носившего такое прозвище. Суффикс -ан в основе (Голыг-ан) — типичный для русских прозвищ, он придаёт слову оттенок просторечия и часто используется для образования имён по характерному признаку (ср. Гулян, Смуглян, Горлан). Это указывает, что прозвище было не книжным, а деревенским, бытовым.

Интересно, что ударение в фамилии падает на второй слог — Голыга́нов, что характерно для основ с суффиксом -ан-. Это отличает её, например, от фамилий на -анов, образованных от полных имён (Романов). Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России — Архангельской, Вологодской, Костромской, где говоры сохранили слово «голыган» в живом употреблении. Встречается она нечасто, что делает её ценной для локальной истории: в переписных книгах XVII–XVIII веков такие прозвища фиксировали именно за крестьянами и посадскими людьми, а не за дворянами.

В ономастической литературе фамилию Голыганов иногда путают с Галыгиным или Голышевым, но корень тут иной. Если Галыгин восходит, скорее всего, к диалектному «галыга» (крюк, загогулина) или к тюркским именам, то Голыганов — чисто русское, «голяцкое» прозвище. Спорных версий здесь немного: основная гипотеза одна — от «голыган» (бедняк), и она подтверждается и словарями, и типичной моделью образования. Таким образом, предки современных Голыгановых — скорее всего, небогатые, но самостоятельные люди, чья бедность стала настолько заметной чертой, что закрепилась в родовом имени на века.