Фамилия Голынцев образована от прозвища или нецерковного имени Голынец. Основа здесь — прилагательное «голый» в значении «бедный, неимущий, раздетый», а суффикс -ец указывал на лицо, обладающее этим качеством. То есть Голынец — это «голыш», бедняк, человек без достатка, а возможно, и без земли. Подобные прозвища в крестьянской среде давали не столько в насмешку, сколько по реальному положению дел: в документах XVI–XVII веков нередко встречаются «голытьба» и «голь перекатная» как обозначение самых низших слоёв населения.

Притяжательный суффикс -ев в фамилии Голынцев указывает на принадлежность: «чей?» — Голынцев, то есть сын или потомок Голынца. Это стандартная русская модель образования фамилий от прозвищ, оканчивающихся на -ец. Интересно, что в говорах существовал и вариант Голынцов — с ударением на последний слог, но форма Голынцев закрепилась как литературная.

Редкость фамилии привлекает внимание к её корню. В отличие от более распространённых Головановых или Голубковых, Голынцевы встречаются нечасто, и это может говорить о локальном происхождении — например, из одной местности, где прозвище Голынец было в ходу. По данным некоторых региональных справочников, фамилия встречается в центральных и южных областях России, но массовой миграции её носителей не было, что сохранило относительную редкость.

Ономастика не даёт однозначного ответа, был ли Голынец прозвищем по бедности или по внешнему виду (лысый, бритый), но первая версия выглядит убедительнее: в русской традиции «голый» редко означало отсутствие волос — для этого использовали слово «лысый». Так что предок носителей фамилии, скорее всего, был человеком небогатым, и его потомки получили фамилию, прямо отражающую социальное положение рода в далёком прошлом.