Фамилия Голюнова хранит память о прозвище дальнего предка — Голюн. Слово «голь» в старину означало «бедность, нищета», отсюда и прозвище. Тут возможны два толкования. Первое — прямое: Голюном могли прозвать бедного человека, и прозвище отражало его социальное положение. Второе, более правдоподобное, — охранительное. В крестьянской среде бытовал обычай давать ребёнку имя-оберег с противоположным значением: чтобы отвести от него настоящую беду. Называя сына Голюном, родители надеялись, что он вырастет обеспеченным и ни в чём не будет нуждаться. Так прозвище, призванное обмануть злые силы, со временем закрепилось за потомками в виде фамилии Голюнов.

Важно и то, что суффикс -ун в основе Голюн — типичный для русских прозвищ, образованных от прилагательных и глаголов. Он встречается в фамилиях вроде Болтунов, Хвастунов, Плясунов, но в основе Голюн он привязан именно к понятию «голь», а не к действию. Это делает фамилию редкой по словообразовательной модели: она не указывает на занятие или характер, а прямо говорит о достатке — или о надежде на него.

Фамилия Голюнова — женская форма, мужская — Голюнов. Встречается она в основном в центральных и северных областях России, где прозвища от «голи» были особенно распространены. Других версий происхождения, связанных, например, с географическими названиями или иноязычными корнями, у этой фамилии нет — основа прозрачна и лежит в русском языке.