Фамилия Голюнов — одна из тех, что построены по самой распространённой в русском языке модели: на -ов. Это значит, что в основе лежит прозвище или имя Голюн, а суффикс -ов указал на принадлежность: «чей?» — Голюнов, то есть сын или потомок Голюна.

Само прозвище Голюн происходит от слова «голь» — бедность, нищета. Если смотреть прямо, Голюном могли назвать человека небогатого, нуждающегося. Но здесь есть тонкость: едва ли родичи стали бы постоянно величать своего бедного предка «бедняком» — это звучало бы насмешкой. Поэтому гораздо правдоподобнее другая версия: прозвище было охранительным, то есть выполняло роль оберега. Называя сына Голюном, родители как бы обманывали злые силы, желая на самом деле, чтобы мальчик вырос богатым и ни в чём не знал нужды. Такая практика — называть детей «плохими» именами для защиты от сглаза — была широко распространена в Древней Руси.

Голюн — прозвище нечастотное, но у него есть родственные фамилии: Голый, Голиков, Гольцов, Голяков. Все они так или иначе отталкиваются от понятия «голь». Разница лишь в суффиксе: -ик, -ец, -як указывали на характерный признак человека. Фамилия Голюнов, скорее всего, бытовала в центральных и северных губерниях России, где слово «голь» и его производные были в ходу.

Таким образом, Голюновы — потомки человека, чьё прозвище прятало за собой не столько реальную бедность, сколько родительскую заботу о будущем достатке.