Фамилия Гоманенкова — женская форма мужской фамилии Гоманенков. Её основа восходит к прозвищу или мирскому имени Гоман, а суффикс -енков указывает на принадлежность к роду: «чей?» — Гоманенков, то есть потомок Гомана.

Само слово «гоман» в русских говорах имеет два основных значения. Первое — «шум, крик, галдёж» (отсюда глагол «гомонить»). Второе, более редкое, — «беспокойный человек, крикун». Прозвище Гоман могли дать шумному, непоседливому ребёнку или взрослому с громким голосом. В старину такие «характерные» имена не считались обидными — они были частью бытовой антропонимии, как Молчан, Крик, Несмеян.

Модель образования на -енков характерна для южнорусских и украинских земель, особенно для бывших территорий Слобожанщины и юга России. Там фамилии с суффиксом -енко (и его русифицированной формой -енков) были массовыми: они означали «сын такого-то». Гоманенко — прямой украинский вариант, а Гоманенков — его обрусевшая форма, возникшая при записи в документах или при переселении в великорусские губернии.

Встречается и более редкая версия: фамилия могла образоваться не от прозвища, а от топонима — названия села или хутора Гомань (такие есть в Брянской и Смоленской областях). Тогда Гоманенков — «выходец из Гомани». Но это предположение менее вероятно, так как суффикс -енков типичен для отчества, а не для указания на место жительства.

Сословно фамилия не аристократическая: в ревизских сказках и метрических книгах XIX века Гоманенковы встречаются в основном среди крестьян и мещан южных и центральных губерний. Фамилия не слишком частотная, что делает её носителей носителями редкого родового имени, прямо связанного с живой речью и бытовыми прозвищами предков.