Фамилия Гончаенко — яркий пример украинской модели фамилии, образованной от названия профессии. В основе лежит слово «гончар» — мастер, изготавливающий посуду и другие изделия из обожжённой глины. Ремесло это было повсеместным и древним, поэтому фамилии с корнем «гончар-» встречаются у всех восточнославянских народов: Гончаров, Гончаренко, Гончарук, Гончар. Украинский суффикс «-енко» — самый распространённый патронимический формант, означающий «сын» или «потомок». Таким образом, Гончаенко — это буквально «сын гончара», «маленький гончар» или «потомок того, кто был гончаром».

Если присмотреться к написанию, заметна особенность: не «Гончаренко», а «Гончаенко». В стандартном украинском языке от фамилии Гончар форма «Гончаренко» встречается чаще, но вариант с «-аенко» (вместо «-аренко») — не ошибка, а результат фонетического упрощения или диалектного произношения. В разговорной речи сочетание «-ар-» могло редуцироваться, выпадать, что и закрепилось в письменном виде. Такие случаи встречаются и в других фамилиях: скажем, Писаренко иногда превращается в Писаенко. Поэтому Гончаенко — не искажение, а живая, народная форма, которая фиксирует, как предки произносили свою фамилию.

Географически фамилия тяготеет к юго-восточным областям Украины и приграничным регионам России. Встречается в Запорожской, Днепропетровской, Харьковской областях, а также на Кубани и в Ростовской области — туда носители фамилии переселялись в XVIII–XIX веках. Сословно предки Гончаенко, скорее всего, были казаками или государственными крестьянами, поскольку ремесло гончара в Малороссии было распространено именно среди свободного сельского населения, а не среди крепостных.

В отличие от русской фамилии Гончаров, которая закрепилась с суффиксом «-ов» и указывала на принадлежность конкретному человеку (дворовому или служилому), украинский вариант Гончаенко сохранил значение «сын ремесленника», подчёркивая не столько владение, сколько родство. Эта фамилия не даёт точной датировки — гончарный промысел известен с древности, а сама модель на «-енко» массово распространилась в Поднепровье с XVI–XVII веков. Конкретных известных носителей фамилии в общероссийских энциклопедиях нет, но в региональных архивах и метрических книгах Гончаенко встречаются регулярно, что говорит о её устойчивости и давней истории.