Фамилия Гончаев звучит как типичная русская фамилия, но её основа неочевидна. На слух она почти совпадает с фамилией Гончаров, но разница в суффиксе меняет всё. Если Гончаров — это прямой отсыл к ремеслу («гончар» + -ов), то Гончаев образован иначе.

Самый вероятный источник — тюркское или кавказское имя Гонча (или Гончак). В этом случае фамилия отвечает на вопрос «чей?»: Гончаев — сын Гончи. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде, где русский суффикс -ев присоединялся к иноязычному имени. Например, в среде татарской или кумыкской знати, переходившей на русскую службу и получавшей фамилии по отцу. Имя Гончак зафиксировано в исторических документах — так звали, к примеру, одного из ногайских мурз XVI века.

Версия с русским ремеслом маловероятна. От слова «гончар» по правилам русского словообразования получилась бы фамилия Гончаров, а не Гончаев. Суффикс -аев обычно указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или гласный, что типично для заимствованных имён. Поэтому Гончаев — это не «потомок гончара», а скорее «потомок человека по имени Гонча».

Встречается фамилия в Поволжье, на Урале и в Сибири — в регионах, где исторически был силён тюркский и татарский компонент. Встречаются также варианты написания Гончаев/Гончаев, но ударение в литературной норме падает на второй слог: Гонча́ев.