Фамилия Гончарь происходит от названия профессии — гончар, мастера, работающего с глиной и изготавливающего из неё посуду, игрушки и другие изделия после обжига. В древности это ремесло было одним из важнейших, а потому прозвище Гончарь было понятным и распространённым. Однако у славян существовал и более глубокий, символический подтекст: гончар, работающий с «глиной» — материалом, из которого, по библейским представлениям, был сотворён человек, — воспринимался как творец, почти демиург. Дать ребёнку такое прозвище могли не только в семье ремесленника, но и в знак пожелания ему стать «творцом своей судьбы».

По способу образования фамилия Гончарь относится к беспатронимической модели: она не имеет типичных русских суффиксов принадлежности -ов, -ев или -ин. Это так называемая «прозвищная» фамилия, которая закрепилась в той форме, в какой существовало исходное прозвище. Такая модель особенно характерна для украинской и белорусской ономастики, где фамилии на -арь, -яр (Швець, Кобзарь, Гончарь) встречаются гораздо чаще, чем в северных русских землях. Поэтому географически фамилия Гончарь тяготеет к юго-западным регионам бывшей Российской империи — современным Украине, Беларуси, а также южным областям России. В центральных и северных губерниях ту же основу чаще оформляли суффиксом: Гончаров, Гончаренко.

Ономасты, в частности Б. Унбегаун в своей работе «Русские фамилии», отмечают, что фамилии от названий профессий без суффикса — более древний слой, который мог указывать на то, что прозвище закрепилось за человеком ещё до эпохи массового закрепощения крестьян и введения обязательных фамилий. Таким образом, предок носителя фамилии Гончарь с высокой вероятностью действительно был ремесленником-гончаром, и его личное прозвище перешло к потомкам без изменений, минуя патронимическую конструкцию.