Фамилия Гонштейн — редкий для России случай немецкой фамилии, сохранившейся в исходном написании. В отличие от большинства остзейских или обрусевших немецких фамилий, которые со временем русифицировали окончание (скажем, Шмидт → Шмидтов), Гонштейн осталась без изменений. Основа здесь — немецкое слово «Stein» (камень). Первая часть сложнее: «Gohn» может быть искажённым вариантом от «Gahn» (идти) или диалектным «Gon» — так в некоторых регионах Германии называли гуся. Тогда Гонштейн — это либо «ходячий камень» (возможно, прозвище камнетёса или бродячего мастера), либо «гусиный камень» (место, где пасли гусей, или двор с таким названием).

Вторая версия, более правдоподобная для еврейской ветви фамилии: в ашкеназской традиции такие фамилии часто образовывали от названий городов или местечек. «Гон» могло быть сокращением от Гонёндз (польское местечко) или Гонс (деревня в бывшей Восточной Пруссии). Тогда Гонштейн — топонимическая фамилия, указывающая на то, что предки происходили из места с каменистой почвой или каменным строением.

Словообразовательная модель проста: два корня, соединённых без суффикса. Это типично для немецких и еврейских фамилий, которые не адаптировались под русскую грамматику. В России такие фамилии встречаются в основном среди потомков немецких колонистов (Поволжье, Причерноморье) или еврейских семей из черты оседлости.

Сословная принадлежность предков неясна: фамилия не даёт подсказок — её могли носить и ремесленники, и торговцы, и крестьяне. Известных носителей с этой фамилией нет в широком доступе, что не редкость для редкой фамилии. Главное, что стоит запомнить: Гонштейн — не русская по происхождению, а немецкая или еврейская, и её носители, скорее всего, пришли в Россию не раньше XVIII века.