Фамилия Горбдунцов — один из тех случаев, когда внешняя необычность скрывает довольно прозрачную, хоть и нестандартную, словообразовательную модель. Чтобы понять её происхождение, стоит разобрать фамилию по составу, начиная с конца.

Суффикс -ов- указывает на типичную русскую патронимическую форму: «чей?» — Горбдунцов, то есть сын или потомок человека по прозвищу Горбдунец. Основа этого прозвища — Горбдун-. Здесь мы видим сложение двух корней: «горб» и «дун». Первый корень, «горб», в русских говорах имел не только прямое значение (физический изъян спины), но и переносные: холм, бугор, выпуклость, а также «горбун» как прозвище упрямого или сутулого человека.

Второй корень — «дун» — отглагольное образование от «дуть» (ср. «дунуть»). В диалектах «дун» могло означать порыв ветра, дуновение, а также хвастуна или спесивца (от «надутый», «надуваться»). Таким образом, прозвище Горбдун могло получить человек с двумя яркими чертами: сутулостью (горб) и склонностью к хвастовству или быстрому, порывистому характеру (дун). Встречается и менее поэтичная версия: «горб» как возвышение, а «дун» как глагольная часть, описывающая звук или действие — например, человек, который сдувает пыль с горба, или живущий на взгорке, где постоянно дует ветер. Правдоподобнее первое: прозвища часто были двукорневыми и описывали внешность и поведение.

Фамилия Горбдунцов — редкая. Она не встречается в массовых списках распространённых русских фамилий и, скорее всего, имеет локальное, возможно, северное или сибирское происхождение, где были живы диалектные слова и сложные прозвища. В отличие от более частых Горбуновых или Горбачёвых, эта фамилия сохранила архаичную модель сложения двух корней, что характерно для прозвищ XV–XVII веков, которые затем закреплялись как фамилии. Сословная принадлежность предков, вероятнее всего, крестьянская или посадская: в дворянской среде такие «говорящие» прозвища почти не встречались.