Фамилия Горбуненко образована от прозвища или мирского имени Горбун. В основе лежит слово «горб» — символ тяжелого крестьянского труда. В русском языке закрепились пословицы: «Живи всяк своим добром, да своим горбом», «Мужик не живет богат, а живет горбат». Поэтому Горбуном могли назвать трудолюбивого человека, привыкшего к физической работе.

Однако у этого имени есть и другая сторона. Существовала традиция охранительных имен: родители могли назвать сына Горбуном, надеясь, что он вырастет здоровым и красивым, — как бы обманывая злые силы. Такая практика встречалась у славян повсеместно.

Главная особенность фамилии Горбуненко — суффикс -енко. Это типичный украинский или южнорусский патронимический суффикс, означающий «сын Горбуна» или «потомок Горбуна». В отличие от великорусских -ов/-ев, фамилии на -енко закрепились на Левобережной Украине, в Слобожанщине и южных уездах России. Следовательно, предки носителей фамилии происходили из этих земель.

Фамилия Горбуненко стоит в одном ряду с однокоренными Горбунов, Горбатов, Горбатый. В исторических источниках упоминаются князья Горбатые-Суздальские (середина XV века), Иван Семенович Горбатый (Горбун)-Лодыгин (вторая половина XV века), а также крестьянин Горбун Дружина из Арзамаса (1606 год). Эти записи показывают, что прозвище Горбун бытовало в разных сословиях — от князей до крестьян.

Таким образом, фамилия Горбуненко несет в себе память о трудолюбивом предке, а ее форма указывает на украинские или южнорусские корни семьи.