Фамилия Горбунев — редкий случай, когда в основе лежит не очевидный «горб», а скорее всего, прозвище Горбун, но с нестандартной моделью образования. В русских фамилиях чаще встречается форма Горбунов — от того же корня через суффикс -ов. Горбунев же использует суффикс -ев, что указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или «й». Скорее всего, исходное прозвище звучало как Горбунь — ласкательная или диалектная форма от «горбун». В некоторых говорах, особенно северных и сибирских, слово «горбунь» могли употреблять в значении «горбатый человек» или даже «сутулый, сгорбленный работник».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная: фамилия могла произойти от топонима Горбуни (деревни с таким названием есть в Псковской и Тверской областях). Тогда Горбунев — это «выходец из Горбуней», а суффикс -ев в этом случае типичен для фамилий, образованных от названий на -и. Однако для топонимической версии характерны скорее фамилии на -ский, а -ев здесь может быть результатом упрощения («Горбунский» → «Горбуньев» → «Горбунев»).

Интересно, что фамилия практически не встречается за пределами России. По данным переписей, Горбуневы сосредоточены в основном в Центральной России и Поволжье, что косвенно подтверждает первую версию: прозвище Горбунь могло быть распространено в крестьянской среде этих регионов. В дворянских родословных книгах фамилия не зафиксирована — скорее всего, предки носителя были крестьянами или мещанами, а прозвище дали по внешнему признаку или характеру работы (например, горбатиться в поле).

Сравнение с однокоренными фамилиями проясняет картину: Горбунов встречается в 20 раз чаще, чем Горбунев. Такое соотношение типично для случаев, когда более редкая форма сохранила диалектную или архаичную черту. Если Горбунов — стандартное образование от «горбун», то Горбунев — след того, что в конкретной местности слово произносили иначе или давали прозвище в уменьшительно-ласкательной форме.