Фамилия Горбунков — одна из тех, где прозвище предка перешло в фамилию почти без изменений, только с типичным русским суффиксом -ов. В основе лежит прозвище Горбунок. Прямое значение прозвища — «горбатый», то есть сутулый, сгорбленный человек. Но народная ономастика редко бывает прямолинейной, и здесь есть как минимум два смысловых слоя.

Первый — охранительный, обереговый. В крестьянской среде родители могли назвать здорового ребёнка Горбунком «от обратного»: чтобы злые силы не позарились на красивого мальчика, его нарекали прозвищем с недостатком. Такой обычай был распространён повсеместно, и фамилия Горбунков могла достаться потомкам вовсе не горбатого, а вполне статного человека.

Второй слой — социальный. В сибирских говорах словом «горбунок» называли не столько физически изогнутого человека, сколько беглого бродягу, скитальца, который «горбит спину» в пути или прячется. В этом значении прозвище указывало не на внешность, а на образ жизни предка. Учитывая, что фамилия фиксируется в документах XVII–XVIII веков в северных и сибирских регионах (Вятка, Пермь, Тобольск), социальная версия выглядит не менее правдоподобной, чем антропологическая.

Словообразовательная модель проста: прозвище Горбунок (уменьшительно-ласкательное от «горбун», с суффиксом -ок) + патронимический суффикс -ов. Фамилия означает «сын Горбунка» или «из рода Горбунка». Аналогично строились фамилии Козлов, Петухов, Жучков — все они от прозвищ с уменьшительным суффиксом.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» фамилия Горбунков не выделяется отдельно, но разбирается в ряду фамилий от прозвищ, образованных от слова «горб». Ономаст В. А. Никонов в своих работах по географии фамилий отмечал, что фамилии с корнем горб- (Горбунов, Горбачёв, Горбунков) особенно часты в северных и восточных областях России. Это косвенно подтверждает связь с сибирским значением «бродяга»: именно в тех краях беглые крестьяне и каторжники оседали и получали такие прозвища.

Таким образом, носитель фамилии Горбунков может происходить либо от крестьянина, которого так назвали в оберег от сглаза, либо от человека, который вёл бродячий образ жизни на сибирских просторах. Обе версии имеют под собой реальную языковую и историческую почву.