Фамилия Гордубей — редкая и структурно необычная для русского уха. Её основа, скорее всего, украинская или белорусская, а не великорусская. Разберёмся, из чего она состоит.

Ключ к пониманию — второй корень «-дуб-». В славянских фамилиях он часто указывает на силу, твёрдость или прямую связь с дубом как деревом. Первая часть, «Горд-», может восходить либо к имени Гордей (от греческого «земледелец»), либо к прилагательному «гордый». Фамилия образована по модели сложения двух основ (как Добролюбов или Благонравов), что типично для искусственных фамилий, которые давали в духовных училищах и семинариях в XIX веке.

Самая правдоподобная версия — семинарское происхождение. Будущему священнику или его сыну могли присвоить «говорящую» фамилию Гордубей, то есть «гордый дуб». Это образное прозвище, подчёркивающее несгибаемость и твёрдость характера. В среде духовенства такие составные фамилии из двух значащих слов были массовым явлением: их сочиняли на ходу, чтобы выделить ученика.

Менее вероятно, что фамилия бытовая, народная. В крестьянской среде прозвища редко склеивали из двух корней в одно слово — обычно говорили «Гордый» или «Дуб». Если же фамилия всё-таки не семинарская, то она могла возникнуть в западнорусских землях под польским влиянием, где сложные фамилии (типа Козубовский или Бородуля) встречаются чаще. Суффикс «-ей» здесь не типичный русский патронимический суффикс, а скорее окончание, закрепившееся в украинской и белорусской ономастике (сравните: Кислей, Бендей).

Географически фамилия привязана к западной части исторической России: Гродненская, Волынская, Минская губернии. В дореволюционных метрических книгах Гордубеи изредка встречаются среди мещан и крестьян, но сословная принадлежность не прослеживается чётко. Одно можно сказать точно: это не древняя боярская или княжеская фамилия — она книжная или поздняя, возникшая не раньше XVIII века.