Фамилия Городько образована по модели, характерной для украинской и белорусской ономастики: суффикс -ко указывает на уменьшительно-ласкательную форму или на принадлежность («сын Городя»). В основе лежит прозвище Городь. Его происхождение спорно, и здесь возможны два пути.

Первая версия связывает прозвище с нарицательным «город» — в древнерусском языке это слово означало не только крупный город, но и любое укреплённое поселение, огороженное частоколом. В этом случае Городь — человек, живший в таком месте или родом оттуда. Вторая версия отталкивается от глагола «городить»: так могли прозвать того, кто строил изгороди, ставил ограды, то есть плотника или строителя. Прозвище Городь со временем закрепилось как наследственное имя и в документах вытеснило первоначальное крестильное имя родоначальника.

Фамилия Городько — типичный пример восточнославянской модели, где суффикс -ко не просто уменьшает, а оформляет фамилию как указание на потомка: Городь → Городько («маленький Городь» или «сын Городя»). Такая форма особенно распространена на территориях современной Украины и юга Беларуси. В русских фамилиях чаще встречается окончание -ов (Городов), тогда как -ко указывает на региональное происхождение предка. Встречаются и однокоренные варианты: Городенко, Городничий, Городецкий — но Городько стоит особняком из-за редкой основы без наращения.